但是若就這些跨國公司之間相比較而言，根據企業的現實條件、自身特點和所處行業的不同，六西格瑪在中國實施起來還是有所差別。比如GE，出于企業戰略上的考量和資源配備的客觀條件，GE的醫療儀器部門是六西格瑪實施最為全球化的部門。目前GE在中國負責實施六西格瑪項目的人員基本上都出自于早期在GE醫療儀器集團工作的人員。GE中國公司在實施時間上來說和美國總部幾乎相差無幾，而且是在全業務范圍內推廣六西格瑪�，F在，GE已經融入了更多豐田精益生產的思想，通過精益六西格瑪的實施，繼續保持著強勁的增長勢頭。而其美國同胞摩托羅拉公司則與GE有所不同。摩托羅拉中國公司在六西格瑪的實施上不但時間上晚于美國總部，而且只限于在其制造業領域部門的推廣實施，范圍非常有限，所以影響也比較有限。
除了時間和實施范圍上的不同，摩托羅拉和GE在實施時內部的功能部門也有所不同。摩托羅拉由于實施范圍窄，其功能部門設置與GE相比也相對簡單，這也是為什么摩托羅拉后來在內部提出一種所謂“第二代六西格瑪”的原因——他們想借鑒GE的經驗，將六西格瑪在制造部門以外的其他部門進行推廣。
而制藥業跨國巨頭葛蘭素史克與GE、摩托羅拉相比，由于身處制藥業，出于安全性等因素的考慮，差別就更大一些。制藥行業的特殊性決定了制造流程中一個哪怕是微小的變動，企業都必須非常謹慎，因為稍不留意，這些變動就有可能對最終生產出來的藥品的療效甚至安全性能帶來“謬之千里”的結果。正是這種“牽一發而動全身”的特點，極有可能與六西格瑪實踐中強調“打破限制、清除障礙”，一切按有利于流程優化而設置的精神產生沖突。所以葛蘭素史克在導入六西格瑪的過程中也不斷地反復進行評估和論證，并做出部分改進，以更好的適合企業自身特點。
葛蘭素史克中國區物流經理柴衛東曾留意過化驗室檢驗流程。過去藥品生產出來后，都要拿到化驗室檢驗，通常要用1天的時間才能出結果。但柴衛東發現藥品在檢驗設備上的時間只有2-3個小時，即檢驗流程的有效工作時間僅幾個小時。為避免浪費，葛蘭素史克運用六西格瑪重新規劃了化驗室布局，把從前隸屬檢驗流程的5個流程點歸攏在一個單元中，使每個檢驗項目都緊密相連，從入口收樣直到最終出口出樣以線性排列，從而大規模提高了工作效率。目前六西格瑪已成為葛蘭素史克供應鏈管理的核心工具。而柴衛東目前最關注的事情，就是如何進一步利用六西格瑪，在供應鏈中的每一個節點降低成本。
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