一、重大科技項目實施過程中存在的主要問題分析
1．重大科技項目建設目標不集中，建設子項目布局分散，使得項目資金投入不集中，造成項目建設的資源浪費較大，資源配置方式落后，配置效率比較低。
因此，從目標上看，項目的目標過于分散，布局不甚合理，甚至還不能突出關鍵目標，從而造成項目投資鋪設面較大，項目投資不集中，在資源總量一定的條件下，隨著項目的細化，每個項目的研究方向平均投資強度或者獲得國家資金的支持力度，有可能下降。影響了項目投資的資源配置，也影響了項目的投資效益，雖然國家增加了項目投資，但也是無濟于事，等于車水杯薪。盡管項目建設已經對相關計劃目標進行了凝練與集中，也普遍增加了投入強度，但是還有必要進一步收斂目標，集中幾個更加具體的研究方向重點突破，這樣才能充分發揮國家集中財力的作用，也能向社會傳遞出更加明確的信息，以調動更加廣泛的社會資源，實現國家對項目要求的建設目標。
2．重大科技項目過程管理模式比較落后，沒有真正從現代項目管理的規律出發，過程管理模式缺乏創新性，未能建立項目的監督和監理機制，項目建設效益受到影響。
項目實施過程管理的有效性直接關系到項目實施成功的關鍵，也關系到國家的綜合實力的發揮。盡管有的項目在實施過程中實行了類似節點控制，但是由于節點設計和控制，已經成為決定和影響項目申請能否過關和能否批準的一個重要因素，它的意義已經與原來的一般過程控制出現了很大偏離。因此。節點的時間間隔不應該脫離項目本身的發展規律。如何加強項目實施的過程管理，建立有效的過程管理模式、過程監督機制和運作機制是我們面臨的重要問題。
3．重大科技項目實施過程中的管理專家與技術專家(學科帶頭人)整合不夠，造成雙方的信息不對稱性，重大科技項目的信息時效性較差，造成重大科技項目的應變反應機制不及時，實則管理和技術兩張皮。
如何把項目管理專家的綜合管理優勢與項目的技術領袖(項目負責人)的技術專長有機地結合起來，發揮互補型的倍增效應，將是未來項目實施高效組織實施的重要因素。項目的實施，不僅僅是單純的技術開發，還包括項目的組織。誰來組織實施，如何組織實施，相應的責、權、利如何界定等，都會影響著項目實施的管理效率。在項目的具體組織實施過程中，合理配置人力資源，充分發揮技術人才與管理人才的積極性。是保證學科建設成功實施的決定性因素之一。
對于重大科技項目的宏觀管理而言，缺乏項目宏觀管理人員，致使項目由多個部門、多頭管理。對于項目的微觀管理而言，不善管理的項目負責人被推到了技術管理和項目組織實施的前臺。因為，如果單純的項目負責人作為項目組織者，無法調動更多項目實施的資源；如果由不懂技術的管理專家來組織實施項目的實施，又會造成學科技術信息的不對稱性，管理專家又處于明顯的不利位置。因此，如何將項目實施的管理專家和技術專家(項目負責人)整合在一起，建立切實可行的管理模式和運作機制，提高信息的對稱性和時效性也是需重點研究的問題。
4．國撥經費的到位時間比較遲，重大科技項目配套資金的不落實，重大科技項目資金管理模式不合理，資金投入管理機制未能建立，影響項目實施的進度和質量，削弱了重大科技項目負責人的積極性，從而影響了項目的實施。
由于重大科技項目實施的資金投入流程牽涉到多個單位，能夠保證重大科技項目實施的經費及時有效到位的運作機制和管理模式還沒有真正建立起來，致使項目經費的投入與原計劃規定的時間相比滯后，在—定程度上影響了項目的正常進度，影響了項目的效益和建設質量。建立何種資金管理模式，采用何種制度安排，建立何種投入機制，保證項目資金與社會資源的有效融合，發揮放大效應，也是科研管理者非常關心的問題。
5．缺乏風險意識，重大科技項目在論證和計劃時，沒有切實可行的風險應對計劃，對重大科技項目實施中造成的風險聽之任之。
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