在組織結構方面，應該建立重大科技項目管理委員會，下設項目管理協調辦公室，主任由主管科技項目領導擔任，日常工作由常務副主任負責，明確職責和權利；定期召開項目實施與管理協調會，克服管理人員與技術人員兩張皮的弊端。同時，要配備德才兼備的，既懂項目實施，又懂項目管理的專職人員，只有這樣，項目實施才能實現歸口管理，統一調動項目實施的資源；項目實施才能得到組織保障，及時了解和掌握項目實施動態，開辟信息渠道，縮短信息傳播幅度。
2.在重大科技項目實施過程中，普遍采用傳統的管理模式，注重項目前期的可行性論證和項目后期的驗收與交接工作，項目實施的全過程管理并沒有受到足夠的重視。鑒于此，對于重大科技項目實施和管理，應該加強項目實施的全過程管理與監督，實施過程管理的體制創新和制度創新，實施動態監督控制，引入項目實施與管理監理制度，及時建立項目實施信息管理通報系統，隨時掌握和了解項目實施狀態，為領導及相關部門提供動態信息決策依據。
項目實施過程中應該實施節點設置與節點控制的管理體制創新。根據項目實施的內部發展現律與建設特點，在項目實施過程中應該實施分階段、節點接口式、里程碑(標志性成果)，以及階段審計驗收決策管理模式與運作機制。項目的實施和控制應該依次遵循由項目實施研究方向下的子項目、項目研究方向、項目總體建設的層次順序，層層實施階段、節點、標志性成果、階段評審的動態控制整個項目的過程實施與管理。
項目實施過程中應該實施接口管理模式與運作機制。在項目整個實施過程管理中，應該采取階段控制管理、節點控制、里程碑(階段標志性成果)控制和階段審批的決策方法進行控制管理模式。階段建設結束，設置關口，實行里程碑(階段標志性成果)技術性能指標控制，進行審計，達到要求后，進入下一個階段建設。在項目實施的階段接口處成立項目實施接口管理協調小組，負責項目實施接口處的組織與協調工作。
項目的實施過程中應該實施監督管理模式與運作機制，引入重大科技項目管理的監理制度。項目主管部門是項目實施的委托人，項目負責人是項目實施的代理人，其實質在某種程度上是一種“委托——代理”關系。為了使項目實施最終達到項目的規劃目標，達到項目資源的最優配置，取得項目實施的最大效益，應該對項目實施引進第三方監督制度，也就是項目采用監理制度。
項目監理目標控制是項目監理的主要任務。項目監理受項目主管部門的委托，能夠將項目建設的投資、工期、質量達到規定的質量標準和技術規范，使項目實施的投資效果和項目水平達到保證和提高。
項目監理在主管部門與項目負責人的合同交易活動之間起到制衡機制的作用。項目監理應該由主管部門以契約形式委托一些項目實施與管理專家，以項目監理目標規劃為依據，以簽定合同規定的內容為檢查內容，實施動態控制項目實施的執行情況，實行社會監督和舉報制度，規范項目實施；制定嚴格的獎懲制度，及時與項目質量檢驗部門、質量管理部門進行溝通，掌握項目實施過程的動態信息，督促項目的正常進行。在項目負責人和項目監理接口處成立項目實施督促合作委員會，定期舉行圓桌會議，成員由主管部門代表、雙方管理和技術人員組成。
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