在職能型組織結構中，各個職能部門可能會設立自己的QA崗位。QA獨立于項目組，直接向部門主管報告，但在業務上也向項目經理進行匯報。如圖1所示。在職能型組織結構下QA組織的優點是：因為同屬于一個部門，QA人員容易深入項目組的具體工作，容易發現項目的實際問題，項目組對問題的處理也更快捷。缺點是各職能部門相對獨立，部門之間缺乏經驗的交流和共享。不同部門還可能重復進行過程、方法和工具的研究。而且，企業中普遍存在“重業務，輕過程”的現象，QA的工作與業務工作相比顯得無足輕重，QA人員的職業發展更容易受到忽視，很難接受應有的培訓和提升。
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圖1 職能型組織結構下的QA組織
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