在 Domino R5 及以前的版本中，網絡域中的每臺服務器都有主 Domino 目錄的完整復本。對于大型機構、企業來說，Domino 目錄所占用的空間、維護目錄同步所需要的開銷都較大。在 Domino 6 中，服務器可以不必擁有 Domino 目錄的完整復本，需要時到其他服務器上去進行查詢。這種目錄結構稱為集中目錄結構。
集中目錄結構與傳統的分布式目錄結構不同，在分布式目錄結構中，網絡域中的每臺服務器都有主 Domino 目錄的完整復本。而在集中目錄結構中，網絡域中的部分服務器可以擁有主 Domino 目錄的選擇性復本。這些復本稱為“配置目錄”，僅包含用于在 Domino 網絡域中配置服務器的文檔，如“服務器”文檔、“連接”文檔和“配置設置”文檔等，而不包含用戶、群組等文檔。具有配置目錄的服務器可以使用另一臺服務器上的遠程主 Domino 目錄查找有關用戶和群組的信息以及與傳統目錄服務相關的信息。
集中目錄結構可以：
* 為具有配置目錄的服務器提供對新信息的快速訪問，因為這些服務器不需要等待將信息復制給它們。
* 使存儲配置目錄的服務器能夠在性能較低的機器上運行，因為它們不必存儲和維護主 Domino 目錄。
* 對目錄管理提供更嚴密的管理性控制，因為僅有少數的目錄復本包含用戶和群組信息。
具有配置目錄的服務器需要連接到具有主 Domino 目錄的遠程服務器，以便在下列未存儲在本地的文檔中查找信息：
* 個人
* 群組
* 函件收集數據庫
* 資源
* 您所添加的任何定制文檔
例如，為驗證用戶，具有配置目錄的服務器會在網絡域中另一臺服務器上遠程主 Domino 目錄的“個人”文檔中查找用戶證書。
在網絡域中設置另一臺服務器時，可以將 Domino 目錄設置為配置目錄。如果服務器已經設置好，可以使用目錄的復制設置將主 Domino 目錄更改為配置目錄，或者將配置目錄更改為主 Domino 目錄。
對于網絡域中擁有大型 Domino 目錄的企業組織而言，集中目錄結構最為有用。使用集中目錄結構需要使用遠程目錄查找，因此對網絡速度的要求較高。另外，用來存儲主 Domino 目錄（充當遠程主目錄）的服務器必須有能力處理由遠程查找所帶來的額外工作負載。
可以在同一個網絡域內使用混合目錄結構。例如，假定在某個公司的總部有多臺服務器通過快速網絡連接。另外還有一些遠程辦事處，它們的網絡帶寬有限，但位于同一網絡域內。公司總部的服務器可以使用集中目錄模型，該模型包含主 Domino 目錄和配置目錄的組合；而遠程衛星辦事處則可以繼續使用分布式目錄結構，即每臺服務器都存儲主 Domino 目錄。
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