我們有必要了解一下操作系統。在你格式化一個硬盤之前，可以選擇把整個硬盤作為一個分區或者根據自己的實際需要進行劃分。在分區完成以后必須是其中一個分區處于激活狀態。無論你有多少個硬盤或者多少個分區，Windows在系統啟動時只承認一個有效的激活分區，你可以用Win 9X啟動盤上的FDISK命令查看分區的狀態并確定那個分區是激活的，操作系統會自動分配給激活分區盤符C:\。當我們在硬盤上面安裝一個操作系統的時候，系統引導文件始終是被放置在激活分區C:的，即使你把操作系統的安裝目錄指定到其他的邏輯分區中。
如果你在硬盤中只裝有一個操作系統，系統引導文件和系統本身通常都是安裝在激活分區C:中。如果你有多個操作系統被安裝在同一個硬盤上，各個系統的引導文件同樣被安裝在C:中。理解了這一點后，會卸載windows2000變得更容易。
一、硬盤上只裝有WINDOWS 2000
卸載windows2000最簡單的方法就是用一張Windows 9X的系統盤引導，然后快速格式化裝有WINDOWS 2000的硬盤分區，例如FORMAT C: /Q，這將刪除硬盤上面的所有文件，在確定刪除前做好相關文件的備份。Windows 9X的系統盤引導只能識別FAT和FAT32格式的硬盤分區，如果你的WINDOWS 2000是安裝在NTFS格式的分區上面的，FDISK命令就不能識別，顯示為不明分區（unknown partition），但是我們依然可以將它刪除。
要是你并不想格式化硬盤，而你的Windows 2000又是裝在FAT/FAT32分區上的，可以通過刪除Windows 2000的引導文件來卸載。這些引導文件包括boot.ini, bootsect.dos, ntldr, ntdetect.com和ntbootdd.sys。在刪除前使用"ATTRIB -H -R -S C:\*.*"命令去除文件的隱含和系統屬性。然后用DELTREE命令刪除WINNT目錄和引導文件。同時刪除頁面文件pagefile.sys和“休眠”的系統設置存盤文件hiberfil.sys。
二、在WINDOWS 9X與WINDOWS 2000多引導系統中卸載windows2000
你可以使用一張WINDOWS 98的系統盤引導計算機然后運行以下命令：
A: >fdisk/mbr A: >sys c: A: >deltree C:\WINNT A: >deltree C:\boot*.* A: >deltree C:\nt*.* A: >deltree C:\hiberfil.sys A: >deltree C:\pagefile.sys
三、在WINDOWS 9X與WINDOWS 2000多引導系統中卸載WINDOWS 9X
卸載WINDOWS 9X顯示更簡單一些，用"ATTRIB -R C:\ boot.ini"命令去掉boot.ini的只讀屬? 然后用“記事本”程序編輯，刪除含有Windows 9X這一行文字，確保Default=這一行中的系統是你硬盤中的Windows 2000，而不是Windows 9X。也可以在Windows 9X上方加入[any text]進行簡單的屏蔽。我們舉例說明：
[Boot Loader] timeout=3 Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[Operating Systems] multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect /nodebug[any text] C:\="Microsoft Windows Millennium Edition"
我們可以將timeout=的值設置為0，這樣講不會顯示多系統引導界面，而是直接啟動你的Windows 2000。然后從Windows 9X的分區上刪除WINDOWS與PROGRAM FILES目錄，刪除Windows 9X引導文件: io.sys, msdos.sys, command.com還有autoexec.bat和config.sys。
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